В 1990 году создает свой проект под названием Enigma, что дословно означает «головоломка, загадка». Дебютный альбом MCMXC a.D продан тиражем в 25 миллионов копий на сегодняшний день. Мишель использовал нестандартный музыкальный подход, благодаря чему проект оказался под пристальным вниманием публики и, в результате, достиг высших мест в музыкальных чартах.Крету скрывал имена исполнителей до последнего момента. По задумке, никто не должен был знать, кто поет песни Enigma. Имена были раскрыты лишь при возбуждении процесса по использованию семплов григорианских хоралов