Первое упоминание о пенитенциарном учреждении на территории города Вельска датировано 1806 годом. В этом году был построен тюремный деревянный острог. На картах города Вельска датированных 1810, 1835, 1845, 1861 годов тюремный острог обозначен на улице Набережной. В 1856 году, купец 2 гильдии, Юрьев Василий Афанасьевич отдал в четырехлетнее содержание свой деревянный флигель под помещение Вельского тюремного острога, с получением от казны по 400 рублей в год. Сохранилось описание Вельского исправительного острога того года: острог деревянный, обшитый тыном, где под ведением попечительного тюремного отделения содержатся ежемесячно от 4 до 15 человек, а в год до 118 арестантов за разные преступления и из разных ведомств и мест, но ни одного из Вельских граждан. В 1864 году на карте города Вельска «новый тюремный острог» располагается на территории современного следственного изолятора. В 1875 году для Вельского тюремного острога был выписан один экземпляр «Губернских Ведомостей».
В декабре 2001 года был введён в эксплуатацию новый режимный корпус, который был построен на месте старого деревянного. В настоящее время лимит наполнения следственного изолятора составляет 148 человек. В изоляторе имеются два режимных корпуса, первый режимный корпус находится в здании бывшего тюремного храма.
.......................
Осужденные проживают в отряде по хозяйственному обслуживанию, в котором имеется спальное помещение, комната для проведения отпусков, комната приема пищи, комната воспитательной работы, гардеробная, комната для хранения личных вещей, комната быта.
Также на режимной территории находятся два режимных корпуса, где покамерно содержатся подозреваемые и обвиняемые (мужчины, женщины и несовершеннолетние).
Медицинское обеспечение - здравпункт филиала «Медицинская часть №5» ФКУЗ МСЧ-29 ФСИН России оказывает доврачебную помощь, первичную медико-санитарную, амбулаторную помощь спецконтингенту. Распорядок дня здравпункта утвержден начальником следственного изолятора
и согласован с начальником ФКУЗ МСЧ-29. Прием осужденных
по личным вопроса проводится заведующим здравпункта по графику (каждую среду месяца). Здравпункт филиала имеет лицензию на осуществление медицинской деятельности.
Воспитательная работа
С целью более качественного информирования осужденных о своих правах в отряде хозяйственного обслуживания учреждения оформлены стенды, в которых представлена информация: списки с указанием срока наступления условно-досрочного освобождения каждого осужденного, образец ходатайства об УДО, выписки из статей Уголовного, Уголовно-исполнительного, Уголовно-процессуального кодексов РФ, правил внутреннего распорядка ИУ.
Осужденным отряда хозяйственного обслуживания предоставляются ежегодные оплачиваемые отпуска. Отпуска предоставляются без выезда за пределы СИЗО.
В СИЗО-3 проводятся культурно-массовые мероприятия, в которых спецконтингент принимает активное участие. Также в целях формирования законопослушного поведения осужденных используются стимулирующие факторы, такие как меры поощрения, предусмотренные статьей 113 УИК РФ, перспективы перевода на облегченные условия содержания, условно-досрочное освобождение от отбывания наказания. Регулярно осужденных посещает протоирей настоятель Вельского Свято-Успенского Храма.
Обучение
В ФКУ СИЗО-3 УФСИН России по Архангельской области действует учебно-консультационный пункт. Обучают осужденных преподаватели МБОУ «Вечерняя (сменная) общеобразовательная школа». В УКП зачисляются осужденные, не достигшие возраста 30 лет и не имеющие общего образования.
Также осужденные отряда по хозяйственному обслуживанию имеют возможность получить профессиональное образование в профессиональном училище № 5, расположенном на базе ФКУ ИК-14 УФСИН России по Архангельской области.
